Dalsze losy tajnej jednostki dowodzonej prze z G. Callena (Chris O'Donnell) i Sama Hannę (LL Cool J). Zespół agentów próbuje rozwikłać kolejne niebezpieczne zagadki o zasięgu międzynarodowym. Pełna zagrożeń praca wpływa także na ich życie prywatne.Ekipa NCIS podejmuje współpracę z FBI. Wspólnie badają sprawę grupy morderców określanych jako "zszywacze ciał", którzy kilka lat wcześniej uniknęli schwytania. Ojciec Sama i Arkady zaprzyjaźniają się.