Ciąg dalszy przygód czterech niezwykłych żółwi z Nowego Jorku: Leonarda, Raphaela, Michelangela i Donatella. Wszyscy są mistrzami sztuki walki ninjutsu, a swoje umiejętności wykorzystują, by stawiać czoło złoczyńcom. Po kolejnych akcjach uświadamiają sobie, po co tak naprawdę istnieją. Odkrycie własnego przeznaczenia ma dla nich poważne konsekwencje.Młodzi wojownicy spotykają swoje odpowiedniki w wersji z lat 80. XX wieku po tym, jak trafili do odmiennej, równoległej rzeczywistości.