Jake Portman przez lata za zapartym tchem słuchał opowieści swojego dziadka Abe'a. Pojawiał się w nich dom dla dzieci obdarzonych niezwykłymi zdolnościami, prowadzony przez Almę Peregrine. Pewnego dnia starszy mężczyzna prosi wnuka o pomoc. Okazuje się, że został zaatakowany i jest ciężko ranny. Chce, by chłopak odnalazł czasoprzestrzenną pętlę. Jake trafia do Cairnholm, gdzie znajduje dom znany mu z historii dziadka. Poznaje jego mieszkańców, w tym Enocha O'Connora i Emmę Bloom. Niestety, okazuje się, że podopieczni pani Peregrine mają wrogów: mrocznego Barrona oraz jego popleczników. By ocalić przyjaciół, Jake musi nauczyć się korzystać ze swoich niezwykłych talentów.