Ciąg dalszy przygód członków ekspedycji wojskowo-badawczej pod kierownictwem Johna Shepparda. Załoga wychodzi cało z ataku Widm. Wkrótce dzięki Dedalowi i nowemu modułowi zeropunktowemu udaje się odzyskać kontakt z Ziemią. Dr Carson Beckett tworzy retrowirusa, dzięki któremu można zamieniać Widma w ludzi. Jego niedokończona wersja zostaje użyta przez Ellię. W efekcie traci ona resztki człowieczeństwa.SGC odkrywa, że Zarząd (Trust) umieścił na pokładzie Atlantydy bombę. Wybuchnie ona, kiedy statek obierze kurs na Ziemię. Daedalus próbuje uprzedzić załogę Atlantydy. Sheppard i jego zespół poszukują zdrajcy, który jest jednym z nich.