Ciąg dalszy przygód członków ekspedycji wojskowo-badawczej pod kierownictwem Johna Shepparda. Załoga wychodzi cało z ataku Widm. Wkrótce dzięki Dedalowi i nowemu modułowi zeropunktowemu udaje się odzyskać kontakt z Ziemią. Dr Carson Beckett tworzy retrowirusa, dzięki któremu można zamieniać Widma w ludzi. Jego niedokończona wersja zostaje użyta przez Ellię. W efekcie traci ona resztki człowieczeństwa.Podczas misji na odległej planecie ekipa znajduje wioskę, w której stoi wieża. Jest bardzo podobna do centralnej iglicy Atlantis. Sheppard i jego koledzy zostają wplątani w skomplikowaną intrygę związaną z dziedziczeniem tronu.