Ciąg dalszy przygód członków ekspedycji wojskowo-badawczej pod kierownictwem Johna Shepparda. Załoga wychodzi cało z ataku Widm. Wkrótce dzięki Dedalowi i nowemu modułowi zeropunktowemu udaje się odzyskać kontakt z Ziemią. Dr Carson Beckett tworzy retrowirusa, dzięki któremu można zamieniać Widma w ludzi. Jego niedokończona wersja zostaje użyta przez Ellię. W efekcie traci ona resztki człowieczeństwa.McKay i jego pilot, porucznik Griffin, rozbijają się na środku oceanu. Zaczynają tonąć i tracą łączność z Atlantis. Griffin orientuje się, że nie wystarczy tlenu do przeżycia ich obu. Tymczasem Weir naciska na doktora Zelenkę, aby odnaleźć rozbitków. McKaya czeka zaskakujące spotkanie z Samanthą Carter.