Dwanaście lat przed wydarzeniami na których koncentruje się seria, Lis-demon o dziewięciu ogonach zaatakował wioskę Konoha. Jego atak spowodował chaos i śmierć wielu ludzi. Sytuację opanował Czwarty Hokage, który pokonał Kyubiego. Przy okazji poświęcił swoje życie i oddał duszę Bogu Śmierci, aby zapieczętować demona wewnątrz nowo narodzonego dziecka. Czwarty po zapieczętowaniu dziewięcioogoniastego został uznany za bohatera.Orochimaru używa zakazanej techniki do przywołania z zaświatów Pierwszego i Drugiego Hokage oraz zmusza ich do walki z Trzecim. Sarutobi musi teraz pokonać nie tylko Orochimaru, który kiedyś był jego uczniem i jednym, ale także dwóch największych bohaterów Konohy. Tymczasem Sasuke dogania Kankuro, Gaarę i Temari.