Legendarne krainy połączyły się w jedno państwo, jego stabilność jest jednak zagrożona. Mistrz Ninja Spinjitzu szkoli wojowników, którzy muszą odnaleźć zdolne ocalić świat Smoki Żywiołów. Czas nagli, ponieważ moce ciemności również pragną przejąć smoczą energię i z jej pomocą siać zniszczenie.Jay, Nya i Kai są coraz bliżej odzyskania utraconych wspomnień Jaya z Administracji. W tym czasie Lloyd sam wyrusza do Szepczącego Lasu, by odnaleźć legendarną Świątynię Zielonego Ninja. Pozostali wątpią, że mu się uda. Równolegle Sora, Frak, Wyldfyre i Riyu próbują poradzić sobie ze skutkami niedawnego ataku potwora. Napięcie rośnie, gdy dochodzi do starcia z Klubem Podróżnika.