Kontynuacja przygód czterech pingwinów znanych z kinowego hitu "Madagaskar". Pewny siebie Skiper to lider grupy, Kowalski jest strategiem i pomysłodawcą każdej z akcji, Rico to specjalista od zadań specjalnych, a najniższy rangą Szeregowy wykonuje prace pomocnicze i pełni funkcje chłopca na posyłki. Po wydarzeniach z filmu lew Alex, hipopotamica Gloria, żyrafa Melman i zebra Marty zostają w Afryce. Grupa pingwinich komandosów wraca do Central Parku, by przejąć kontrolę nad zoo. Misja komplikuje się, gdy pingwiny odkrywają, że zabrał się z nimi pasażer na gapę - Król Julian i jego banda lemurów.Sto lat temu wiewiór ukrył klucz do legendarnego skarbu w kapsule czasu, którą następnie zakopano na terenie ogrodu zoologicznego. Obecnie zostaje ona uroczyście odkopana. Obserwująca ceremonię brygada specjalna pingwinów dostrzega, jak szczury podkradają z kapsuły tajemniczy klucz. Nieloty odbierają go gryzoniom. Wkrótce wyruszają na poszukiwanie ukrytego przez wiewióra skarbu. Mają go zniszczyć, by nie wpadł w łapy chciwych zwierzaków o złych zamiarach. Za nimi podąża król szczurów i jego kompani, gotowi ubiec pingwiny na drodze do znaleziska.