Kontynuacja przygód czterech pingwinów znanych z kinowego hitu "Madagaskar". Pewny siebie Skiper to lider grupy, Kowalski jest strategiem i pomysłodawcą każdej z akcji, Rico to specjalista od zadań specjalnych, a najniższy rangą Szeregowy wykonuje prace pomocnicze i pełni funkcje chłopca na posyłki. Po wydarzeniach z filmu lew Alex, hipopotamica Gloria, żyrafa Melman i zebra Marty zostają w Afryce. Grupa pingwinich komandosów wraca do Central Parku, by przejąć kontrolę nad zoo. Misja komplikuje się, gdy pingwiny odkrywają, że zabrał się z nimi pasażer na gapę - Król Julian i jego banda lemurów.Rozpieszczeni bracia Wezuwiusz postanawiają zaadoptować większość zwierząt znajdujących się w nowojorskim zoo. Chcą bawić się z nimi w swoim domu. O zgodę proszą Alice, która w obawie przed prawnikami chłopców, zgadza się. Ostatecznie wybór rozpieszczonych braci pada na Skippera i Króla Juliana. Wkrótce do apartamentowca braci Wezuwiusz wyrusza ekipa ratunkowa z zoo. Tymczasem Kowalski konstruuje niewielkie nanoroboty, które mają ochraniać pingwiny przed niebezpieczeństwem. Początkowo wszystko idzie po jego myśli, jednak później przez Barry'ego sytuacja się komplikuje.