Kontynuacja przygód czterech pingwinów znanych z kinowego hitu "Madagaskar". Pewny siebie Skiper to lider grupy, Kowalski jest strategiem i pomysłodawcą każdej z akcji, Rico to specjalista od zadań specjalnych, a najniższy rangą Szeregowy wykonuje prace pomocnicze i pełni funkcje chłopca na posyłki. Po wydarzeniach z filmu lew Alex, hipopotamica Gloria, żyrafa Melman i zebra Marty zostają w Afryce. Grupa pingwinich komandosów wraca do Central Parku, by przejąć kontrolę nad zoo. Misja komplikuje się, gdy pingwiny odkrywają, że zabrał się z nimi pasażer na gapę - Król Julian i jego banda lemurów.Owca Randy zamierza odnaleźć dzieci, które ją dotykają lepkimi od waty cukrowej rękami. Pingwiny chcą przenieść ją na farmę. Z jajka, którym opiekowały się pingwiny, wykluła się kaczuszka. Z czasem okazuje się, że będąc jeszcze w skorupce, wiele się od nich nauczyła.