Kontynuacja przygód czterech pingwinów znanych z kinowego hitu "Madagaskar". Pewny siebie Skipper to lider grupy, Kowalski jest strategiem i pomysłodawcą każdej z akcji, Rico to specjalista od zadań specjalnych, a najniższy rangą Szeregowy wykonuje prace pomocnicze i pełni funkcje chłopca na posyłki. Po wydarzeniach z filmu lew Alex, hipopotamica Gloria, żyrafa Melman i zebra Marty zostają w Afryce. Grupa pingwinich komandosów wraca do Central Parku, by przejąć kontrolę nad zoo. Misja komplikuje się, gdy pingwiny odkrywają, że zabrał się z nimi pasażer na gapę - Król Julian i jego banda lemurów.Po rekordowo szybkim wysprzątaniu swojego domu pingwiny postanawiają wybrać się na lody poza mury ogrodu zoologicznego. Zapraszają Marlenkę, która jednak nie chce iść, bo jeszcze nigdy nie była na wolności. Ostatecznie Skipperowi i spółce udaje się ją przekonać. Do wyprawy dołącza też król Julian. Niespodziewanie na zewnątrz zoo Marlenka wpada w szał, porywa lemura i ucieka. Pingwiny muszą ją schwytać i zabrać z powrotem do domu.