Kolejne przygody szybkiego jak błyskawica i dzielnego jeża. W drugim sezonie łączy on siły z Shadow, który potrafi kontrolować chaos. Wspólnie poszukują fragmentów Pryzmatu Paradoksu, aby naprawić szkody wyrządzone przez Sonica w czasoprzestrzeni. Śmiałków czeka starcie z nowymi przeciwnikami.Sonic spotyka się z Nine'em na szczycie Cytadeli i stara się namówić go do ratowania Odłamkowersum. Nine, zaślepiony gniewem, nie zamierza go słuchać. Gdy skupia całą swoją moc na Sonicu, wpada w jego pułapkę. Zbliża się nieuchronny finał.