Leonardo, Raphael, Michelangelo i Donatello znają wschodnią sztukę walki ninjutsu. Wychował ich i wytrenował zmutowany szczur - mistrz Splinter. Przyjaciele mają swoją kryjówkę na przedmieściach Nowego Jorku. Ich łączniczką z miastem jest nastoletnia April O'Neil. Żołwie codziennie stawiają czoło licznym wrogom i walczą z zagrożeniami. W wolnym czasie zajadają się ulubioną pizzą.Żółwie i April muszą pokonać swoje największe lęki, gdy w kanałach ściekowych rozprzestrzenia się zmutowany grzyb. Przerażony Leonardo traci drużynę. W ten sposób spełnia się jego największy koszmar.