Leonardo, Raphael, Michelangelo i Donatello znają wschodnią sztukę walki ninjutsu. Wychował ich i wytrenował zmutowany szczur - mistrz Splinter. Przyjaciele mają swoją kryjówkę na przedmieściach Nowego Jorku. Ich łączniczką z miastem jest nastoletnia April O'Neil. Żołwie codziennie stawiają czoło licznym wrogom i walczą z zagrożeniami. W wolnym czasie zajadają się ulubioną pizzą.Żółwie próbują wytropić mutagen. W tym celu zabierają do swojej kryjówki zmutowaną wiewiórkę, która szybko się rozmnaża. Leonardo, Raphael, Michelangelo i Donatello muszą złapać wszystkie klony, zanim uda się im przedostać do miasta.