Leonardo, Raphael, Michelangelo i Donatello znają wschodnią sztukę walki ninjutsu. Wychował ich i wytrenował zmutowany szczur - mistrz Splinter. Przyjaciele mają swoją kryjówkę na przedmieściach Nowego Jorku. Ich łączniczką z miastem jest nastoletnia April O'Neil. Żołwie codziennie stawiają czoło licznym wrogom i walczą z zagrożeniami. W wolnym czasie zajadają się ulubioną pizzą.Zagrożenie nadchodzi jednocześnie z dwóch stron. Żółwie się rozdzielają. Donatello i Michelangelo muszą dowieść, że ich drużyna jest równie silna i skuteczna, jak zespół Leonarda i Raphaela.