Instruktorka Akademii FBI w Quantico, Dana Scully (Gillian Anderson), zostaje przydzielona do specjalnego wydziału FBI, zajmującego się niezwykłymi i trudnymi do wyjaśnienia w racjonalny sposób zjawiskami i zdarzeniami. Sekcja w której zaczyna pracować Scully to Archiwum X, jednostka powołana do życia jeszcze za czasów wszechwładnego Johna Edgara Hoovera. Partnerem sceptycznej Scully zostaje Fox Mulder (David Duchovny) entuzjasta i zwolennik teorii spisku.Mutant genetyczny Eugene Tooms, to wielokrotny morderca. Co trzydzieści lat budzi się z hibernacji, zabija ludzi i zjada ich wątroby. Obecnie przebywa on w sanatorium, jednak ma zostać z niego wypuszczony. Agent Mulder śledzi go po wyjściu z placówki.