Instruktorka Akademii FBI w Quantico, Dana Scully (Gillian Anderson), zostaje przydzielona do specjalnego wydziału FBI, zajmującego się niezwykłymi i trudnymi do wyjaśnienia w racjonalny sposób zjawiskami i zdarzeniami. Sekcja w której zaczyna pracować Scully to Archiwum X, jednostka powołana do życia jeszcze za czasów wszechwładnego Johna Edgara Hoovera. Partnerem sceptycznej Scully zostaje Fox Mulder (David Duchovny) entuzjasta i zwolennik teorii spisku.Mała dziewczynka, Michelle, błąka się po mieście. Trafia na posterunek, gdzie przesłuchuje ją inspektor Barbala. Chwilę potem zostaje on z dużą siłą wyrzucony przez okno. Michelle opisuje sprawcę. Stworzony na podstawie jej zeznań portret pamięciowy odpowiada wyglądowi Charliego Morrisa, policjanta zamordowanego dziewięć lat wcześniej. Tego samego dnia ginie również partner Barbali, Tony Fiore. Świadkiem tego zdarzenia znów jest Michelle. Mulder i Scully prowadzą śledztwo.