Olbrzymi goryl Kong żyje na Wyspie Czaszki. Monitorują go członkowie organizacji Monarch. Głuchoniema Jia, adoptowana córka badaczki Ilene Andrews, porozumiewa się z nim za pomocą języka migowego. Tymczasem Godzilla atakuje miasta na całym świecie. Walter Simmons, dyrektor korporacji Apex Cybernetics, prosi Nathana Linda, byłego naukowca Monarch, aby poprowadził wyprawę do mitycznego miejsca, skąd pochodzi energia tytanów. Ten wyrusza w podróż wraz z Ilene i Jią na pokładzie eskortowanej przez wojsko zmodyfikowanej barki, na której znajduje się również Kong. Nuklearny jaszczur wyczuwa obecność władcy Wyspy Czaszki i atakuje konwój, co prowadzi do pierwszego starcia między monstrami. Wynik konfrontacji nie jest przesądzony.