W kolejnym sezonie, dwunastym, zespół Gibbsa (Mark Harmon) znów stawi czoła zagadkom kryminalnym, w których nie wszystko jest tym, czym się wydaje na pierwszy rzut oka. Agenci muszą m.in. odnaleźć zabójcę dowódcy marynarki wojennej, eskortować geniusza komputerowego i poznać okoliczności śmierci Anglika przebywającego w USA.Sierżant marynarki wojennej ginie w trakcie wymiany ognia podczas rzekomego napadu. Zespół bada sprawę. Gibbs, który musi pilnie odwiedzić swojego ojca, powierza śledztwo Tony'emu i Timothy'emu. Abby zwraca kolegom uwagę na pewien istotny fakt.