W kolejnym sezonie, dwunastym, zespół Gibbsa (Mark Harmon) znów stawi czoła zagadkom kryminalnym, w których nie wszystko jest tym, czym się wydaje na pierwszy rzut oka. Agenci muszą m.in. odnaleźć zabójcę dowódcy marynarki wojennej, eskortować geniusza komputerowego i poznać okoliczności śmierci Anglika przebywającego w USA.Zespół bada serię przestępstw, które bardzo przypominają niektóre sprawy z przeszłości. Tymczasem obie byłe żony Gibbsa pojawiają się na miejscu zbrodni, by przekazać mu coś ważnego.