W kolejnym sezonie, dwunastym, zespół Gibbsa (Mark Harmon) znów stawi czoła zagadkom kryminalnym, w których nie wszystko jest tym, czym się wydaje na pierwszy rzut oka. Agenci muszą m.in. odnaleźć zabójcę dowódcy marynarki wojennej, eskortować geniusza komputerowego i poznać okoliczności śmierci Anglika przebywającego w USA.W trakcie ćwiczeń z agentem specjalnym CGIS Abigail Borin-Gibbs zauważa człowieka za burtą. Próbując mu pomóc, dociera na pokład innego statku - San Dominick - który, jak wkrótce się okazuje, został przejęty przez piratów.