Dalsze perypetie grupy agentów specjalnych, którzy w swojej pracy prowadzą dochodzenia dotyczące członków amerykańskiej marynarki wojennej i marines. Na czele zespołu NCIS stoi Leroy Jethro Gibbs (Mark Harmon).Nocą na ulicy zostaje zamordowany kapitan marynarki Strauss Tubman. Sprawca ucieka z jego laptopem, w którym są tajne dane dotyczące kodów nuklearnych. Trop prowadzi do młodego Phineasa, któremu Gibbs kiedyś pomógł.