Mija rok, od kiedy Sherlock (Jonny Lee Miller) wyprowadził się z Londynu i zakończył współpracę z brytyjskiego wywiadu. Detektyw wraca do Nowego Jorku z zamiarem podjęcia pracy w policji. Jego nową asystentką zostaje Kitty Winter (Ophelia Levibond). Niejasne powody jej zatrudnienia wkrótce zaczynają negatywnie wpływać na relacje łączące detektywa i Joan (Lucy Liu). W życiu Watson pojawia się nowy mężczyzna, Andrew (Raza Jaffrey). Jest on całkowitym przeciwieństwem Holmesa - ma poukładane życie i rzadko wpada w tarapaty.Holmes i Watson zajmują się kolejną sprawą. Tym razem badają okoliczności zabójstwa człowieka, który zajmował się podważaniem zjawisk paranormalnych, naukowych oraz religijnych. W tym samym czasie córka Gregsona prosi Joanę o pomoc.