Mija rok, od kiedy Sherlock (Jonny Lee Miller) wyprowadził się z Londynu i zakończył współpracę z brytyjskiego wywiadu. Detektyw wraca do Nowego Jorku z zamiarem podjęcia pracy w policji. Jego nową asystentką zostaje Kitty Winter (Ophelia Levibond). Niejasne powody jej zatrudnienia wkrótce zaczynają negatywnie wpływać na relacje łączące detektywa i Joan (Lucy Liu). W życiu Watson pojawia się nowy mężczyzna, Andrew (Raza Jaffrey). Jest on całkowitym przeciwieństwem Holmesa - ma poukładane życie i rzadko wpada w tarapaty.Trwa śledztwo w sprawie członka internetowej społeczności pszczelarzy. Również Holmes należy do tej grupy. Watson zostaje wynajęta przez Kapitana Gregsona do zbadania tajnej sprawy. Poznanie szczegółów pozwoli mu podjąć decyzję mającą wpływ na jego całe życie.