Trzeci sezon serialu opowiadający o przygodach bohaterów w świecie Gwiezdnych Wrót. Po powstrzymaniu Widm przed dotarciem na Ziemię i porażce w badaniach nad retrowirusem ekspedycja rozpoczyna trzeci rok pobytu w Galaktyce Pegaza z ciągłym zagrożeniem ze strony Widm, a także z nowym, potężnym wrogiem, Asuranami, samoreplikującymi się nanobotami chcącymi wyeliminować mieszkańców Atlantydy i zniszczyć miasto.Walcząc z nudą, Sheppard i McKay potajemnie grają w grę strategiczną, którą odkryli na Atlantis. Ku ich ogromnemu zaskoczeniu okazuje się jednak, że gra jest czymś więcej, niż mogli przypuszczać.