Żółwie są już nastolatkami. Dorastanie okazuje się być dla nich czasem pełnym wyzwań. Przyjaciele muszą połączyć chodzenie do liceum w Nowym Jorku ze swoimi obowiązkami jako bohaterowie.Próbując ocalić braci, Mikey łączy swoje siły z praktykantem Bishop, Rodem. Ten jednak chce czegoś w zamian. Pragnie, by zamienił go w mutanta. Młody żółw musi zachować się odpowiedzialnie.