Żółwie są już nastolatkami. Dorastanie okazuje się być dla nich czasem pełnym wyzwań. Przyjaciele muszą połączyć chodzenie do liceum w Nowym Jorku ze swoimi obowiązkami jako bohaterowie.Żółwie i inne mutanty wspólnymi siłami próbują powstrzymać trójkę z East River, która jest o krok od zwycięstwa. Nie wszystko jednak jest takie, jakim się wydaje. Wychodzi na jaw, dlaczego Złotopłetwy tak usilnie chce odzyskać perłę i czym ona jest.