Kontynuacja przygód czterech pingwinów znanych z kinowego hitu "Madagaskar". Pewny siebie Skipper to lider grupy, Kowalski jest strategiem i pomysłodawcą każdej z akcji, Rico to specjalista od zadań specjalnych, a najniższy rangą Szeregowy wykonuje prace pomocnicze i pełni funkcje chłopca na posyłki. Po wydarzeniach z filmu lew Alex, hipopotamica Gloria, żyrafa Melman i zebra Marty zostają w Afryce. Grupa pingwinich komandosów wraca do Central Parku, by przejąć kontrolę nad zoo. Misja komplikuje się, gdy pingwiny odkrywają, że zabrał się z nimi pasażer na gapę - Król Julian i jego banda lemurów.Julian postanawia pod osłoną nocy dostać się na wybieg goryli, aby podstępem wykraść im banany. Lemur wraz z Marlenką nieopatrznie zjada wszystkie owoce. Kiedy Bolo i Lolo odkrywają zuchwałą kradzież, wpadają we wściekłość i zaczynają demolować zoo. Nieloty muszą opanować sytuację. Ponadto pingwiny trenują na torze przeszkód. Skipperowi nie udaje się poprawić swojego wyniku. W tej sytuacji postanawia poddać się specjalnemu testowi, aby sprawdzić, czy nadaje się na dowódcę. W tym czasie oddziałem ma pokierować Kowalski.