Kontynuacja przygód czterech pingwinów znanych z kinowego hitu "Madagaskar". Pewny siebie Skipper to lider grupy, Kowalski jest strategiem i pomysłodawcą każdej z akcji, Rico to specjalista od zadań specjalnych, a najniższy rangą Szeregowy wykonuje prace pomocnicze i pełni funkcje chłopca na posyłki. Po wydarzeniach z filmu lew Alex, hipopotamica Gloria, żyrafa Melman i zebra Marty zostają w Afryce. Grupa pingwinich komandosów wraca do Central Parku, by przejąć kontrolę nad zoo. Misja komplikuje się, gdy pingwiny odkrywają, że zabrał się z nimi pasażer na gapę - Król Julian i jego banda lemurów.Edek zostaje wybrany do lotu w kosmos. Skipper uważa jednak, że ten zaszczyt należy się pingwinom. Członkowie oddziału postanawiają urządzić specjalny konkurs, który wygrywa Szeregowy. Nielot w przebraniu małpy leci na Księżyc. Niebawem okazuje się, że ma wrócić na Ziemię dopiero za dwadzieścia pięć lat. Przyjaciele ruszają mu na ratunek. Ponadto mieszkańcy zoo muszą się zmierzyć z silnymi opadami śniegu.